Анализ филогенетических связей энтеровирусов, выделенных от больных серозным менингитом в г. Екатеринбурге и Свердловской области в 2008 г.

Abstract

The aim of this study was to establish etiological role of the enteroviruses in cases of aseptic meningitis during the period of seasonal raise of morbidity in Yekaterinburg and Sverdlovsk region in 2008 along with the phylogenetic analysis of the strains identified by molecular genetic typing. 98 clinical specimens from the patients with aseptic meningitis were examined in the laboratory. In 75 specimens enteroviral RNA was detected by RT-PCR. Direct sequencing of PCR-amplified portions of the genome was successfully carried out for 50 specimens. Among the strains identified by genetic typing, echovirus 30 prevalence was equal to 38% and coxsackievirus A9 - 22%. Phylogenetic relationships of the identified enteroviruses with the sequences of enteroviruses available in GenBank database were determined. Significance of the molecular genetic typing of enteroviruses for the epidemiological surveillance is discussed.

Целью данной работы являлось определение этиологической структуры случаев серозного менингита в период сезонного подъёма заболеваемости в г. Екатеринбурге и Свердловской области в 2008 году, а также установление филогенетических связей этиологических агентов методом молекулярно-генетического типирования. Было исследовано 98 образцов клинического материала от больных серозным менингитом. В 75 образцах методом ПЦР была обнаружена РНК энтеровирусов. Секвенирование структурной части генома энтеровирусов удалось выполнить в 50 образцах. Среди генотипированных штаммов в 38% выявлен вирус ЕСНОЗО и в 22% - вирус Коксаки А9. Установлены филогенетические связи выявленных энтеровирусов со штаммами, представленными в базе данных GenBank. Обоснована необходимость применения молекулярно-генетических методов для мониторинга циркулирующих штаммов энтеровирусов.