Моделирование комплекса каталазы «А» Saccharomyces Cerevisiae и НАДФН2 для предсказания его геометрии

Abstract

NADPH weakly binds to Catalase «А» from Saccharomyces cerevisiae, so geometry of bound ligand is not known from X-ray crystallography. To resolve this issue com-plexes of catalase «А» from Saccharomyces cerevisiae with NADPH and it s frag-ments - inorganic momophosphates and 2 ,5 -ADP was modeled with molecular me-chanics methods. Binding site of NADPH 2 -phosphate in KATA was detected and models of 2’,5 -ADP as individual molecule and as fragment of NADPH in complexes with catalase «А» were proposed. These model data are in good agreement with known experimental results (electron density). Position of nicotinamid-ribosid is not determined.

Каталаза «А» из Saccharomyces cerevisiae образует слабый комплекс с НАДФН2, поэтому его геометрия в ренгеноструктурных исследованиях не установлена. Цель настоящей работы - предсказание геометрии НАДФН2 и его фрагментов - неорганических монофосфатов и 2',5'-АДФ в связанном с ферментом состоянии методом молекулярно-механического моделирования. Результаты расчетов позволили надежно локализовать сайт связывания 2 -фосфата НАДФН2 в этой каталазе, а также предложить обоснованные модели 2',5'-АДФ в форме индивидуальной молекулы и в составе НАДФН2 в комплексе с каталазой «А», согласующиеся с известными экспериментальными данными по электронной плотности. Положение никотинамидной части НАДФН2 на основе анализа полученных моделей окончательно не установлено.