Детекция точечных мутаций в гене ASXL1 при гемобластозах методом прямого автоматического секвенирования

Abstract

The aim was to determine the frequency of point mutations of the ASXL1 gene in blood malignancies using direct automatic sequencing. Materials and methods. Bone marrow and peripheral blood samples of 26 patients with blood malignancies aged from 18 to 68 years, treated at the Sverdlovsk regional hematological center in the period from 2012 to 2018, were examined, including those with a morphological variant of AML M0 – 3, M1 – 1, M2 – 10, M3 – 2, M4 – 3, M5 – 1, M6 – 1, M7 – 1, blast plasmacytoid dendritic cell neoplasm – 1, acute hybrid leukemia – 1, CMML – 1, chronic myeloproliferative disease (blast crisis) – 1. Isolation of total RNA from leukemia cells was realized using sorption on a silica gel carrier followed by binding of RNA from a solution with a membrane in a minicentrifuge column followed by reverse transcription. cDNA regions corresponding to exons 12-13 of the ASXL1 gene were amplified by PCR. ASXL1 gene mutations were detected by direct automatic sequencing using ABI Prism 310 genetic analyzer. Results. It was found that functionally significant point mutations of the ASXL1 gene were detected in 19.2% of samples in AML M0, M2, M4 and acute hybrid leukemia (AML/ALL BII), in 4 cases were represented by deletion n. Del (1755;2007), in one – by duplication dup1934G. In addition, point mutations of NRAS, FLT3, TP53 genes, complex, quantitative chromosomal aberrations, as well as translocation t(9;22)(q34;q11) were determined in these samples. In all cases, AML with ASXL1 gene mutations were associated with low efficiency of standard program chemotherapy and unfavorable prognosis.

Цель исследования - определить частоту точечных мутаций гена ASXL1 при гемобластозах методом прямого автоматического секвенирования. Материалы и методы. Исследовали пробы костного мозга и периферической крови 26 больных гемобластозами в возрасте от 18 до 68 лет, проходивших лечение в Свердловском областном онкогематологическом центре в период с 2012 по 2018 г., из них с морфологическим вариантом ОМЛ М0 – 3, М1 – 1, М2 – 10, М3 – 2, М4 – 3, М5 – 1, М6 – 1, М7 – 1, бластная плазмацитоидная дендритоклеточная опухоль – 1, острый гибридный лейкоз – 1, ХММЛ – 1, бластный криз ХМПЗ – 1. Выделение тотальной РНК из лейкозных клеток проводили методом сорбции на силикагелевом носителе с последующим связыванием РНК из раствора с мембраной в миницентрифужной колонке с последующей обратной транскрипцией. Участки кДНК, соответствующие экзонам 12-13 гена амплифицировали методом ПЦР. детекцию мутаций гена ASXL1 проводили методом прямого автоматического секвенирования с использованием генетического анализатора ABI Prism 310. результаты. Установлено, что функционально значимые точечные мутации гена ASXL1 обнаруживались в 19,2% проб при ОМЛ М0, М2, М4 и остром гибридном лейкозе (ОМЛ/ ОЛЛ BII), в 4 случаях были представлены делецией n. Del (1755;2007), в одном – дупликацией dup1934G. Наряду с мутациями гена ASXL1 в указанных образцах определялись точечные мутации генов NRAS, FLT3, TP53, комплексные, количественные хромосомные аберрации, а также транслокация t(9;22)(q34;q11). Во всех наблюдениях оМЛ с мутациями гена ASXL1 ассоциировались с низкой эффективностью стандартной программной полихимиотерапии и неблагоприятным прогнозом заболевания.